Depois da queda do Império Romano , durante a Idade Média, a medicina se refugiou nos mosteiro, que ofereciam asilo seguro e tranquilo, propício para o estudo e a meditação; representantes de Cristo na terra, os padres da nova religião encamparam a função de curar e sucedem os seus precursores os sacerdotes pagãos. Assim nasce, a medicina laica e a medicina eclesiástica, na qual o simples uso das plantas medicinais já a colocava no rol de extrema importância.
Na Itália, e por toda Europa, florescem os conventos de monges que cultivam as plantas divinas que darão saúde aos homens que sofrem.
Estamos falando do ano 529, quando é fundado a ordem de São Benito do famoso convento de Monte Cassino, que até o florescimento da escola médica de Salerno, constituiria um ativo foco de estudos médicos e botânicos. Esta é a época de Casiodoro, que que foi ministro do grande Teodorico e precursor de Carlo Magno na institucionalização da escola pública, e se retirava par a vida monástica e recomendava aos seus monges de Squilache, a leitura do livro das ervas de Dioscórides e o estudo das virtudes curativas dos simples, tratando o mesmo tempo de dignificar os estudos médicos quando dizia:" “Entre as artes mais úteis, destinadas a sustentar a indigência e a fragilidade do corpo, nenhuma pode ser considerada superior, nem ao menos igual, a medicina, que assiste com benevolência material aos doentes em perigo e cura nossas dores e cura aqueles que nem as riquezas nem as honras são capazes de curar.” Ao mesmo tempo nos conventos de verde Erin se estudava os textos clássicos e já chegava o fim do século VI empreendem os monges irlandeses grandes viagens por todo o continente com o propósito de implantar as novas ordens e a rígida disciplina que se praticava na velha Irlanda; assim são fundados na Alemanha no século VIII por São Columbano e seus discípulos, nos conventos de San Gall e de Fulda, e na Itália de Bobbio, vizinho a Pavia, nos menos afamados que os de Monte Cassino como centro de estudos médicos. Do jardim medicinal a enfermaria do convento de São Gall, no ano de 820, ficou uma descrição cheia de detalhes entre estes detalhes a descrição de uma enfermaria que cuidava de seis pacientes ao mesmo tempo. Havia casa para o médico, depósito de farmácia e um jardim onde se cultivavam inte e duas plantas medicinais, como a salvia, o lírio, o ópio silvestre, a agrimonia entre outras.
Desta época e destes conventos conhecemos os poemas sobre as plantas medicinais: O Hortulus de Wahlafrio Strabo. Abdal do convento de Fulda, e o livro das Virtudes das Plantas. De todos os manuscritos do período medieval o mais famoso é o Herbarius de Apuleus Barbarus.
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